در روزهای بحرانی پس از ۱۸ تیرماه ۱۳۷۸، نامهٔ ۲۴ فرمانده سپاه پاسداران خطاب به رئیس جمهور وقت -سید محمد خاتمی- منتشر شد. هرچند اصلاح‌طلبان این نامه را به عنوان تهدید به کودتا تاویل کردند، اما تأثیر جدی در عقب‌نشینی ضد انقلاب و پایان غائله کوی دانشگاه داشت. این نامه در روزهای فتنه، محرمانه بود و بعد از فروکش کردن آن علنی شد.
متن کامل آن نامه به شرح زیر است:
ریاست محترم جمهوری حضرت حجت‌الاسلام والمسلمین جناب آقای سیدمحمد خاتمی
با عرض سلام و خسته نباشید به استحضار می‌رساند:
به‌دنبال حوادث اخیر به عنوان مجموعه‌ای از خدمتگزاران دوران دفاع مقدس ملت شریف ایران، وظیفهٔ خود دانستیم مطالبی را خدمت حضرت‌عالی دانشمند ارزشمند عرضه بداریم. امیدواریم با سعهٔ صدر و شعار ارزشمند توأم با سیره‌ای که تبلیغ می‌فرمایید (شنیدن هر سخن و ایده ولو مخالف) به این موضوع که شاید درد هزاران زجرکشیدهٔ انقلاب باشد که امروزه به‌دور از هرگونه خط و خطوط با چشمی نگران، مسائل و حوادث انقلاب را می‌نگرند و سکوت، مسامحه و ساده‌انگاری مسئولین که از برکت خون هزاران شهید بر مسند نشسته‌اند، متحیر و متعجب‌اند.
جناب آقای خاتمی، قطعاً همهٔ ما حضرت‌عالی را انسانی وارسته، انقلابی، متدین و دارای ریشهٔ عمیق دینی در حوزه و دلسوز به انقلاب دانسته و می‌دانیم، اما نحوهٔ برخورد با حوادثی که همهٔ ما شاهد شادی و رقص دشمنان پیرامون آن هستیم و در اولویت قرار دادن پیگیری برخی اشتباهات و تخلفات و بزرگ کردن آن‌ها در مقابل عدم توجه و یا کوچک جلوه دادن برخی دیگر از همین نمونه قانون‌شکنی و هتک حرمت و فشار، باعث شده است جریان‌های معاند با انقلاب گستاختر و در مقابل آن، مدافعان انقلاب محافظه‌کارانه و با دلزدگی توأم با ناامیدی، هر روز تحقیر شده و به ثمرهٔ این همه خون نگریسته و انگشت خود را با تاسف و تاثر می‌گزند.
جناب آقای رئیس‌جمهور، حمله به کوی دانشگاه همان‌طوری که رهبر بزرگوار و مظلوم این انقلاب فرمودند امری ناپسند، زشت و بد بود و علی‌رغم این‌که سخت‌ترین و تند‌ترین برخورد‌ها با آن انجام پذیرفت اما همهٔ مردم به دلیل ناپسندی عمل انجام شده این برخورد‌ها را پذیرفته و بر آن صحه گذاردند، اما سؤال مهم و پرابهام این است که آیا فاجعه فقط همین بود؟
صرفاً همین موضوع قابل پیگیری و توجه و اعتراض و تحصن است که چند وزیر به خاطر آن استعفا دهند، شورای امنیت تشکیل جلسه بدهد و گروه تحقیق تشکیل گردد، اما آیا حرمت‌شکنی و توهین به مبانی این نظام، تاسف و پیگیری ندارد؟ آیا حریم ولایت فقیه کمتر از کوی دانشگاه است؟ آیا حریم امام، آن انسان کم‌نظیر، کمتر از جسارت به یک دانشجو است؟ آیا چند روز امنیت کشور را دچار اخلال کردن و به هر مؤمن و متدین حمله کردن و آتش زدن فاجعه نیست؟ آیا زیر سئوال بردن جمهوری اسلامی، این یادگار ده‌ها هزار شهید و شعار علیه آن دادن فاجعه نیست؟
جناب آقای خاتمی، چند شب پیش وقتی گفته شد عده‌ای با شعار علیه رهبر معظم انقلاب به سمت مجموعهٔ شهید مطهری در حرکت‌اند، بچه‌های کوچک ما در چشم ما نگریستند، انگار از ما سؤال می‌کردند غیرت شما کجا رفته است؟
جناب آقای رئیس‌جمهور، امروز وقتی چهرهٔ رهبر معظم انقلاب را دیدیم مرگ خودمان را از خداوند طلب کردیم چون که کتف‌هایمان بسته است و خار در چشم و استخوان در گلو باید ناظر پژمرده شدن نهالی باشیم که حاصل ۱۴ قرن سیلی و زجر شیعه و اسلام است.
جناب آقای خاتمی، شما خوب می‌دانید، در عین توانمندی به‌خاطر مصلحت‌اندیشی دوستان ناتوانیم. چه کسی است که نداند امروز منافقین و معاندین دسته دسته به نام دانشجو به صف این معرکه می‌پیوندند و خودی‌های کینه‌جو و منفعت‌طلب کوته‌نظر آتش‌بیار آن شده‌اند و برای تهییج آن، از هر سخن و نوشته‌ای دریغ نمی‌کنند؟
جناب آقای خاتمی، تا کی با اشک بنگریم و خون دل بخوریم و با هرج و مرج و توهین، تمرین دموکراسی کنیم و به قیمت از دست رفتن نظام صبر انقلابی داشته باشیم؟
جناب آقای رئیس‌جمهور، هزاران خانوادهٔ شهید و جانباز و رزمنده به شما رأی دادند که رأی آن‌ها مدال سینه شماست. آن‌ها از شما انتظار برخورد منصفانه با این مسائل را دارند و ما امروز رد پای دشمن را در این حوادث به خوبی می‌بینیم و قهقههٔ مستانه را می‌شنویم. امروز را دریابید که فردا خیلی دیر است و پشیمانی فردا غیرقابل جبران است.
سیدبزرگوار، به سخنرانی به ظاهر دوستان و خودی‌ها در جمع دانشجویان بنگرید، آیا همهٔ آن گفته‌ها تشویق و ترغیب به هرج و مرج و قانون‌شکنی نیست؟
آیا معنای سال امام (ره) همین بود؟ آیا به همین صورت می‌توان میراث گرانبهای او را حفظ کرد و آیا بی‌توجهی تعداد اندکی به نام حزب‌الله مجوزی است برای شکستن سر هر متدین و هتک حرمت آن؟
جناب آقای خاتمی، رسانه‌ها و رادیوهای دنیا را بنگرید، آیا صدای دف و دهل آن‌ها به گوش نمی‌رسد؟
جناب آقای رئیس‌جمهور، اگر امروز تصمیم انقلابی نگیرید و رسالت اسلامی و ملی خودتان را عمل نکنید، فردا آن‌قدر دیر و غیرقابل جبران است که قابل تصور نیست.
در پایان با کمال احترام و علاقه به حضرت‌عالی اعلام می‌داریم کاسهٔ صبرمان به پایان رسیده و تحمل بیش از آن را در صورت عدم رسیدگی، بر خود جایز نمی‌دانیم.
فرماندهان و خدمتگزاران ملت شریف ایران در دوران دفاع مقدس: غلامعلی رشید ـ عزیز جعفری ـ محمدباقر قالیباف ـ قاسم سلیمانی ـ جعفر اسدی ـ احمد کاظمی ـ محمد کوثری ـ اسدالله ناصح ـ محمد باقری ـ غلامرضا محرابی ـ عبدالحمید رئوفی‌نژاد ـ نورعلی شوشتری ـ دکترعلی احمدیان ـ احمد غلامپور ـ یعقوب زهدی ـ نبی‌الله رودکی ـ علی فدوی ـ غلامرضا جلالی ـ امین شریعتی ـ حسین همدانی ـ اسماعیل قاآنی ـ علی فضلی ـ علی زاهدی ـ مرتضی قربانی.
خداوند حافظ ونگهدار همه غیورمردان دلیر ایران زمین باد رسیدن به انقلاب مهدی ( عج)آرزوی قلببمان است بامید آنروز قریب
درود خدا برشما نام آوران ایران زمین